Gefangene zu besuchen gehört zum biblisch begründeten Auftrag der Kirche. Gefängnisseelsorger sind Ansprechpartner für inhaftierte Menschen: Menschen, die in einem rechtskräftigen Urteil schuldig gesprochen worden sind, Untersuchungsgefangene, für die noch die Unschuldsvermutung gilt, Sicherungsverwahrte, die ihre Strafe bereits abgesessen haben und Abschiebehäftlinge, deren Haft nichts mit Schuld oder Unschuld zu tun hat, deren Aufenthaltsberechtigung in Deutschland aber abgelaufen ist.
Daneben sind Gefängnisseelsorger für die Angehörigen von Gefangenen und für Bedienstete in den Haftanstalten zuständig.
Im Norden des Kirchenkreises Gotha, in Gräfentonna, befindet sich das größte Thüringer Gefängnis mit bis zu 589 Insassen. Als hauptamtliche Seelsorger sind dort evangelische und katholische Seelsorger tätig. Ein orthodoxer Geistlicher, ein Imam und ein Rabbiner betreuen als ehrenamtliche Seelsorgehelfer Gefangene ihrer jeweiligen Religionsgemeinschaft. Es besteht eine sehr gute ökumenische und interreligiöse Zusammenarbeit.
In der JVA Tonna finden regelmäßig Gottesdienste, Bibelgespräche, Kulturgespräche und viele seelsorgerliche Einzelgespräche statt. Die Gefängnisseelsorge ist eine Arbeit "zwischen den Stühlen": zwischen Strafvollzug und kirchlichem Auftrag, zwischen staatlicher Institution und Kirche. Gefangene wenden sich an den Seelsorger, wenn sie Sorgen und Probleme haben, die vertraulich behandelt werden sollen. Sie sind auf der Suche nach Antworten auf Fragen, die aus Not und Verzweiflung in der Haftsituation entspringen. Manchmal sind auch ganz einfach Glaubensfragen zu besprechen. In all der Aufgabenvielfalt sieht sich der Gefängnisseelsorger dem Auftrag Jesu Christi verpflichtet.